La mort de Henri IV émut vivement les protestants, qui tinrent, en 1611 une assemblée générale à Saumur, où toutes les provinces envoyèrent des députés, parmi lesquels figuraient les ducs de Bouillon, de Sully, de Rohan, etc. Duplessis fut le président de cette assemblée qui dura quatre mois et pendant lesquels Saumur offrit l’aspect et l’animation d’une capitale.

Duplessis-Mornay conserva, sous le nouveau règne de Louis XIII, le gouvernement de Saumur jusqu’en 1621, époque à laquelle, la querelle des protestants et des catholiques jugée éteinte, on le lui enleva.

On aurait peut-être pu ménager la position de Duplessis en considération de l’homme, mais on ne le fit pas. On lui offrit des compensations, le bâton de maréchal de France et 100 000 écus qu'il refusa avec hauteur. Profondément blessé de la défiance dont il était l’objet, il se retira au fond du Poitou, dans une de ses terres, où il mourut deux ans après.